Насчет странички доната - не знаю: от небольших денег никакого толку, а средства, достаточные, например, для оборудования и содержания лаборатории, покупки хорошей камеры, оплаты работы веб-мастеров и корректоров и т.д., никто не даст.

Вроде бы два безобидных банера, но если присмотреться - это реклама проституции. Обиднее всего, что редакция, видимо, к этой рекламе не имеет никакого отношения (сайт принадлежит не журналу Знание-Сила, а Артемию Лебедеву).

Ну тип рекламы выбирает владелец сайта по собственной воли и совести.

А вы не думали добавить на свой сайт рекламу, небольшой банер, который не будет никому мешать? Например в бегуне, это не буржуйский адсенс, да и есть куча настроек этих самых банеров.
Это совершенно нормальная практика, тем более с таким высоким числом посетителей как у вас. Деньги можно тратить на поддержку сайта, покупку реактивов и оборудования и т. п. Пусть буржуи платят свои деньги для поддержки науки, ведь пользователю кликнувшему по банеру это ничего не стоит! Я думаю все пользователи со мной согласятся...
Ну и/или страничка доната была бы не лишней, я думаю найдётся люди желающие хотя бы помочь оплатить ваш хостинг.

Принятие первого варианта категорически противоречит идеологии журнала - свободное распространение знаний.

Если уж выбирать существование сайта/журнала и размещение рекламы, то я согласен с Дмитрием. Если более-менее приличная реклама (понятно, что с порнорекламой или чем то подобным нельзя иметь дело) даст денег, то думаю участники сайта поймут небольшие неудобства, тем более, что покупать никто не заставляет.

Мне кажется, журнал и форум прекрасно распространяли знания и до создания ftp

"Вырубив ftp" можно получить некоторую отсрочку, но не более. Кроме того, эта форма исключительно удобна: в случае каких-либо неприятных изменений с народ.ру большинство ссылок на книги перестанут работать. С ех.юа это уже произошло.